La sezione ha la funzione di introduzione generale al Museo; offre informazioni sulla storia naturalistico-ambientale, sulla dinamica del popolamento, sulla organizzazione delle attività produttive ,sulla storia degli insediamenti. Per ciò sono state individuate variegate tipologie di oggetti ritenuti significativi in rapporto a fasi temporali che hanno determinato la storia della città e del territorio.
Costituisce fulcro della Sezione la ricostruzione tridimensionale della zona del Padule di Fucecchio ;si rende così possibile, tramite opportuni dispositivi luminosi interattivi, la lettura delle trasformazioni intervenute a seguito del processo di bonifica ,offrendo una visione del territorio immediatamente riferibile all'oggi.
Un ricco corredo di mappe e carte (in originale e riproduzione) comprese tra XVI e XVIII secolo, dà conto delle modificazioni ambientali indotte dagli interventi di regimazione delle acque e bonifica del lago padule di Fucecchio.
Le caratteristiche ambientali e naturalistiche sono illustrate da una significativa sequenza filmica.